La guerra civile

Nel 1990, le elezioni amministrative furono vinte con il 54% dal Fronte Islamico di Salvezza (FIS) di Abassi Madani e Ali Belhadj, che, guidato da Abdelkader Hachani dopo l'arresto dei primi due, si aggiudicò anche il primo turno delle successive elezioni politiche (26 dicembre 1991) in tutto il paese fuorché Algeri, il sud e l'est. Su 430 seggi 231 furono assegnati in questo modo: FIS 47,3% e 188 seggi, FLN 23,4% e 15, FFS 7,4% e 25, MSP 5,3% e 0, indipendenti 4,5% e 3, altre liste (tutte <3%) 12,1% e 0. Il secondo turno sarebbe stato un ballottaggio fra i due candidati più votati e avrebbe reso molto probabile una maggioranza dei due terzi al FIS, che avrebbe messo quest'ultimo in grado di modificare la costituzione laica.

L'11 gennaio 1992 l'esercito prese il potere con un colpo di Stato, rendendo inevitabili le dimissioni del presidente, che Chadli annunciò alla televisione. Con questo brusco arresto al processo di democratizzazione messo in atto da Chadli, il controllo del paese passò nelle mani di una giunta militare ("Supremo Consiglio di Sicurezza") che affidò la gestione politico amministrativa ad un "Supremo Comitato di Stato" di cinque membri (un militare, due del FLN e due indipendenti) guidato, su richiesta dei militari, dal vecchio resistente Muhammad Boudiaf, richiamato dall'esilio ma assassinato poi il 29 giugno 1992 e succeduto da Ali Kafi, fino a 30 gennaio 1994. Nel 1993 la giunta interruppe le relazioni diplomatiche con Teheran.

Questi due anni furono un periodo di repressione, censura dell'informazione e arresti di natura politica: sospese molte garanzie costituzionali, migliaia di militanti del FIS furono incarcerati; il 4 marzo 1992 il FIS fu dissolto e nell'estate Madani e Belhadj furono condannati a 12 anni di carcere. L'immediata reazione islamista al colpo di stato fu la formazione del Movimento Islamico Armato (MIA) dedito alla guerriglia contro esercito e polizia nelle montagne e del più radicale Gruppo Islamico Armato (GIA) nelle città (soprattutto ad Algeri e dintorni), formato in gran parte da ex-volontari anti-sovietici in Afghanistan e poi anti-serbi in Bosnia e dedito al terrorismo contro i funzionari civili, gli intellettuali laici e i giornalisti. Più tardi, il MIA e altri gruppi minori presero il nome di AIS, per sottolineare la loro fedeltà politica al FIS, mentre il GIA ne era ormai autonomo e a sua volta subiva la scissione del qaidista Gruppo Salafita per la Predicazione e il Combattimento (GSPC).

Il 30 gennaio 1994 divenne Capo dello Stato il generale Liamine Zéroual, già ministro della difesa dal luglio 1993, che favorì la riconciliazione, ottenuta anche grazie alla mediazione della Comunità di Sant'Egidio, che il 14 gennaio 1995 fece approvare un accordo fra tutti i partiti di opposizione laici e islamici, a cui aderì anche il FIS e a cui il governo rispose con un atto politico: l'indizione delle prime elezioni presidenziali pluraliste. Zéroual vinse le elezioni presidenziali del 16 novembre 1995 con il 61,0% dei voti; Mahfoud Nahnah, il candidato islamista moderato (MSP, in arabo HaMaS) ottiene il 25,3%, il candidato laicista (RCD) Saïd Saadi il 9,6%, un secondo candidato islamista (PRA) il 3,8%. Votò il 75% degli elettori, nonostante i tre partiti principali del 1992 avessero diffuso appelli all'astensione e il GIA minacce di morte. Tuttavia, i colloqui di pacificazione avviati da Zéroual con il FIS portarono alla rottura del GIA con l'AIS; e quindi anche fra il 1994 e il 1998 il paese fu scosso da numerosi attentati terroristici, la maggior parte dei quali indirizzati dal GIA contro gli stessi algerini: furono sterminati interi villaggi, soprattutto intorno ad Algeri, e uccisi, tra l'altro, molti dei pochi preti e frati cattolici, ma anche svariati dirigenti dell'AIS. Le elezioni parlamentari del 5 giugno 1997 videro la vittoria di un nuovo partito pro-militari (RND) che ottenne 156 seggi su 380 (MSP e FLN più di 60 ciascuno): i massacri del GIA fallirono il loro obiettivo politico e anzi favorirono la scissione fra GIA e GSPC nel 1998 e il cessate il fuoco unilaterale proclamato dall'AIS il 24 settembre 1997. Un governo di coalizione fu formato dai tre partiti principali sotto la guida del capo del RND Ahmed Ouyahia.

A sorpresa, l'11 settembre 1998 Zéroual annunciò le dimissioni. Le elezioni presidenziali del 15 aprile 1999 videro la vittoria di Abdelaziz Bouteflika, erede politico di Boumedienne e tuttora presidente. I risultati ufficiali gli assegnarono il 74% dei voti, ma tutti gli altri candidati si erano ritirati prima delle votazioni citando il rischio di brogli. Il 5 giugno l'AIS concordò il principio del proprio scioglimento e il 16 settembre fu approvata con un referendum un'amnistia; l'AIS si sciolse il 1º gennaio 2000, in cambio di una seconda e più ampia amnistia proclamata da Bouteflika il 13 gennaio 2000. Il GIA venne distrutto militarmente all'inizio del 2002. Le elezioni parlamentari del 30 maggio 2002 videro una partecipazione del 46,2% e il FLN vincere con 190 seggi su 380, il RND scendere a 47 seggi e il MSP a 38 (43 all'islamista MRN e 21 al Partito dei lavoratori), ma il governo di coalizione continuare. Madani e Belhadj furono liberati nel 2003 senza conseguenze. L'elezione presidenziale dell'8 aprile 2004 ha visto la rielezione di Bouteflika con l'85% e il sostegno dei due partiti principali. Del tutto isolato, il GSPC ha ufficialmente aderito ad al-Qāʿida nel gennaio 2007. Le elezioni parlamentari del 17 maggio 2007 (partecipazione 35,6%) hanno assegnato 136 seggi al FLN, 61 al RND, 52 al MSP, 26 al PT, 19 al RCD e 13 al FNA. Le elezioni locali si sono tenute il 29 novembre.